'Det tredje testamente' er en apokalyptisk thriller, der får dig til at tvivle på alt, du ved om virkeligheden.
Over hele verden begynder folk at se ting, som ikke er der. Visioner, paranormale væsner og begivenheder fra fortiden, der udspiller sig i nutiden. I starten er der tale om små episoder, fx ting, der er tidsmæssigt fejlplaceret eller glimt af familie og venner, der for længst er døde. Som tiden går, bliver visionerne dog mere vedholdende, mere udbredte. Mere skræmmende.
På MIT laboratorierne har psykiateren John Macbeth arbejdet med verdens mest avancerede model af den menneskelige hjerne. Han får brug for sin viden, da han under et mystisk jordskælv i hjembyen Boston bliver efterladt midt i det uforståelige kaos af spørgsmål og hypotetiske årsager. Han er den eneste, der kan finde frem til sandheden, og han befinder sig nu i et kapløb med tiden for at afdække de besynderlige fænomener.