Gloria följer med sin nye pojkvän Adam till hans familjs skärgårdshus för några lugna dagar i värmen. De har helt olika bakgrund, men båda har minnen från ön. Adam har alltid semestrat på Ekudden, medan Gloria tillbringade ett par somrar på ön i tidiga tonåren då hennes mamma hyrde ett hus med sitt feministiska kollektiv.
Hon känner sig inte helt välkommen på Ekudden, och redan första kvällen kommer hon på kant med Adams familj. Det är också något märkligt med stämningen bland öns bofasta. De är uppdelade i två läger som inte talar med varandra. Under sina promenader på ön får hon dessutom känslan av att vara iakttagen.
Allt detta väcker obehagliga minnen och frågor. Vad är det hennes mamma velat dölja under alla år? Och vad hände egentligen den där sista sommaren på ön när 16-årige Jimmy dog?
En dag går Gloria förbi kollektivhuset, som stått övergivet i tjugo år. Där gör hon en fasansfull upptäckt, som hon snart förstår har med hennes förflutna att göra.
Och blomstren dö är en psykologisk thriller om mörka hemligheter, lojalitet och val på liv och död.
